無料版も有料版も操作方法は同じです。
まずはアイコンをクリックする↓。

測地系選択画面が開く↓。

下の方へ行き,WGS84を選択する↓。

ここで指定する測地系が,入力ファイル用なのか,出力ファイル用なのか,よくわかりません。
入力用だとすれば,当方の入力地図はJGD2000ですが,リストにないので,ほぼ同じと見なせる,WGS84を選んでおけばokですし,出力用だとすれば,GPS受信機の設定はWGS84なのでokで,どちらにしてもWGS84でOKのはずです。
次にこんな画面が現れる↓。

メニューから,File/Load Calibrated Mapを選ぶ↓。

開く窓の右下をクリックする↓。

GeoTiffを選ぶ↓。

右下がGeoTiffになる↓。

変換対象ファイル(立山町計画図)を選んで開くをクリック↓。

キャリブレーション情報が表示される↓。

メニューから,File/Write JNX file/From whole Mapを選ぶ↓。

JNX Info Block窓が開く↓。

Product Group IDは,0〜9が予約されているようなので↓,

http://whiter.brinkster.net/en/JNX.shtmlより
例えば,11とか12とかに勝手に決めて,Group Titleは,例えば,"KeikakuZu"などと命名する↓。

ファイル名は指定しなければ,入力ファイルと同じになる(拡張子だけ変わる)。
Allow JNX scale inputにチェックを付けておくと以下の画面が現れる↓。

このスケールの意味は,この表↓に書いてあり,

http://whiter.brinkster.net/en/JNX.shtmlより
スケールが75ということは,ガーミンGPSの縮尺5m〜20mでjnx地図が表示され,
30m〜では表示されないということを意味します。
75はmapc2mapcが入力地図の解像度(縮尺)から勝手に決める数字で,実際にGPSで表示してみて,後で調整します(スケール値は後で変更可能,グループIDも)。
JNX Scale factor窓でokを押すと変換が始まり,プログレスバーが伸びていき↓

変換が終了する↓。

172MBのファイル変換に約30分掛かりました。
なかなか重い(遅い)です。
MAPC2MAPCを終了します↓。

できたJNXファイルです↓。
