私が普段使っているTNTmips（85万円）ではどうやればよいか，すぐにイメージが浮かんだのですが，QGIS（0万円）ではどうやればいいのか？，私にもわかりませんでした。
ネットで調べたり，試行錯誤して，なんとかできました。
ここが参考になりました。
https://lemulus.me/trygis/polygon-create-edit
冒頭から，「レイヤ」であるべきところが「ベクタ」と誤記もありますが..
マルチスペクトルカメラで撮影した画像をPix4Dmapperのデフォルトで処理すると，WGS84測地系，UTM座標系のNDVI画像ができます。
Geotiffなので，QGISですぐ開けます。
QGISで開いたところ↓
画像のプロパティで情報を表示すると，画像の統計値が見られます↓
ヒストグラムも見られます↓
NDVI＝（NIR−R）/（NIR+R）であり，
近赤外域（NIR）が0のとき，NDVI＝−1（マイナス1）となり，
可視域赤（R）が0のとき，NDVI＝1（プラス1）となります。
−1.0＜＝NDVI＜＝1.0
この画像は北側にNIRが小さい，海を含むので，マイナスもあります。
切り出し用の領域ポリゴン（注目領域，ROI（Region of interest）を作ります↓
切り出し元のNDVI画像があるフォルダを指定し，「領域A」という名前をつけて，ジオメトリタイプでポリゴンを選ぶ
「領域A」というレイヤが作成され，レイヤリストに表示される
編集モードを終了しないと，切り出しに失敗します（私，何度も引っ掛かりました）。
NDVI全体画像を領域Aで切り出します↓
切り出した領域のNDVIの統計値を見ます↓
はいっ。この平均＝0.55542・・が，質問者が欲しかった答えになります。
切り出したのは陸地の領域（クロマツ林の林縁部）なので，マイナスが消えましたよ。
